การนับถือศาสนาคริสต์ของชาวยากีเป็นสิ่งที่ทำให้ศาสนาแพร่กระจายในปี 1609 โดยแทรกซึมเข้าไปในดินแดนโซโนรา
ในช่วงอาณานิคมโซโนราสอดคล้องกับความลาดชันของ Sierra Madre Occidental ที่รวมอยู่ในขอบเขตของเอนทิตีนั้นเท่านั้น ภูมิภาคที่ไหลไปทางเหนือจากแม่น้ำ Yaqui รวมถึง Real de la Cieneguilla เรียกว่าPimería Baja และภาคเหนือสุดจาก Real ไปยังแม่น้ำ Colorado ซึ่งอยู่ในรัฐ Arizona ในอเมริกาเหนือปัจจุบันเรียกว่าPimería Alta
ดินแดน Sonoran ในปัจจุบันยังรวมถึงพื้นที่เล็ก ๆ ทางตะวันตกเฉียงใต้ของสิ่งที่รู้จักกันในชื่อPimeríaซึ่งตั้งอยู่ในรัฐ Chihuahua และ Ostimuri ซึ่งเป็นสถานที่ที่ตั้งอยู่บนชายฝั่งของอ่าวแคลิฟอร์เนียระหว่างแม่น้ำ Mayo และ Yaqui
ในปี 1614 มิชชันนารีPérez de Rivas และ Pedro Méndezนับถือศาสนาคริสต์ชาวมายันในพื้นที่ Ostimuri แบ่งภารกิจออกเป็นสามเขต: Santa Cruz (ที่ปาก Mayo), Navojoa และ Tesia
Tepahues ถูกรวมเข้ากับ Cornicaris ในปี 1620 คุณพ่อ Miguel Godínezก่อตั้งภารกิจของ San Andrés de Cornicari และAsunción de Tepahui . ในปีเดียวกันนั้นได้มีการก่อตั้ง Rectorate of San Ignacio ซึ่งรวมถึงนอกเหนือจากภารกิจที่กล่าวถึงก่อนหน้านี้ห้าภารกิจ ได้แก่ Bacúm, TorínและRahúnซึ่งตั้งอยู่ที่ปาก Yaqui
ในปี 1617 ยาควิสถูกดัดแปลงโดยผู้ปกครองPérez de Rivas และTomás Basilio แม้จะต้องทนทุกข์กับการลุกฮือการจลาจลการทรมานและการฆาตกรรม แต่การเปลี่ยนใจเลื่อมใสของโซโนราก็รวดเร็วและปลอดภัยมากขึ้น เมื่อถึงศตวรรษที่ 17 นิกายเยซูอิตได้ขยายและก่อตั้งพันธกิจของ Maycoba และ Yecora ทางตะวันตกเฉียงใต้ของสิ่งที่พวกเขารู้จักในชื่อChínipas
ภารกิจจากแม่น้ำ Yaqui ไปทางเหนือแบ่งออกเป็นสี่สภา: San Borja จัดกลุ่มภารกิจของ: Cucumaripa และ Tecoripa , ก่อตั้งขึ้นในปี 1619; Movas และ Onovas ในปี 1622; Sahuaripa ในปี 1627; Matape ในปี 1629; Onapa ในปี 1677 และ Arivechi , ในปี 1727 Rectorate of the Three Holy Martyrs of Japan ซึ่งรวมถึง Batuco ที่ก่อตั้งในปี 1627, Oposura ในปี 1640 และ Bacadeguachi , กัวซาวาส , Santa María Baceraca และ San Miguel Bavispe , ก่อตั้งในปี 1645 และ Rectorate of San Javier ที่รวมภารกิจของ Ures ในปี 1636; Aconchi, Opodepe และBanámichiในปี 1639; Cucurpe และ Arizpe ในปี 1648 และCuaquiárachiในปี 1655
ในปี 1687 มิชชันนารียูเซบิโอฟรานซิสโกคิโนได้เข้ามาในพิเมเรียอัลตาและเริ่มปฏิบัติภารกิจของ Rectorate of Nuestra Señora de los Dolores โดยก่อตั้ง Caborca ซึ่ง Francisco Javier Saeta ได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่ติดต่อกับการสนับสนุนทางจิตวิญญาณของเขา คิโนะ; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocósperaและ Imuris
หลังจากการขับไล่นิกายเยซูอิตภารกิจก็ถูกปล่อยให้เป็นของฟรานซิสกันซึ่งไม่ได้สร้างขึ้นมาอีกและ จำกัด ตัวเองให้พยายามรักษาสิ่งที่มีอยู่เท่านั้น เมื่อนิกายเยซูอิตได้ตั้งถิ่นฐานในซีนาโลอาและโซโนราแล้วพวกเขาก็หันไปมองดินแดนแคลิฟอร์เนีย
