การรุกรานอย่างต่อเนื่องของ Don NuñoBeltrán de Guzmánผู้พิชิตชาวสเปนต่อดินแดนทางตะวันตกของประเทศเพื่อเพิ่มอำนาจการปกครองและอำนาจเหนือดินแดนเหล่านั้นส่งผลให้มีการตั้งจังหวัดใหม่ที่เรียกว่าราชอาณาจักรนิวกาลิเซีย
ภูมิภาคนี้เป็นที่อยู่อาศัยของชนพื้นเมืองหลายกลุ่มซึ่งทำลายการตั้งถิ่นฐานที่ชาวสเปนก่อตั้งขึ้นอย่างต่อเนื่อง ร้อยโทของNuño de Guzmánกัปตัน Juan B. de Oñateได้รับคำสั่งให้ทำให้จังหวัดเหล่านั้นสงบและพบ Villa de Guadalajara ในสถานที่ที่เรียกว่าNochistlánซึ่งเป็นความจริงที่ว่าเขาเสร็จสิ้นเมื่อวันที่ 5 มกราคม 1532 ในมุมมองของการโจมตีของชนพื้นเมืองบ่อยครั้งในเมือง เขาต้องย้ายไปที่Tonaláในอีกหนึ่งปีต่อมาและต่อมาที่Tlacotlán มีการย้ายเมืองครั้งที่สามเพื่อตั้งถิ่นฐานในเมือง Atemajac Valley ซึ่งเมืองนี้ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1542 โดยมีCristóbal de Oñateเป็นผู้ว่าการ New Galicia และ Don Antonio de Mendoza จากนั้นอุปราชแห่งสเปนใหม่ผู้ซึ่งได้รับการแต่งตั้งเป็นนายกเทศมนตรีและรองผู้ว่าการมิเกลเดอิบาร์รา
เมืองนี้พัฒนาอย่างรวดเร็วและเริ่มแข่งขันกับเมือง Compostela (ปัจจุบันคือ Tepic) ซึ่งเป็นที่ตั้งของอำนาจทางศาสนาและพลเมืองดังนั้นชาวเมือง Guadalajara จึงกดดันเจ้าหน้าที่ของ Audiencia ว่ากษัตริย์ Felipe II ตัดสินใจออกCédulaลงวันที่ 10 พฤษภาคม ค.ศ. 1560 เพื่อย้ายจาก Compostela ไปยัง Guadalajara มหาวิหารราชสำนักและเจ้าหน้าที่กระทรวงการคลัง
โครงสร้างของเมืองได้รับการวางแผนตามเมืองอาณานิคมอื่น ๆ ดังนั้นรูปแบบจึงได้รับการพัฒนาในรูปแบบของกระดานหมากรุกจากจัตุรัสซานเฟอร์นันโด ต่อมาย่าน Mexicaltzingo และ Analco ก่อตั้งขึ้นโดย Fray Antonio de Segovia และย่านMezquitánซึ่งเป็นย่านที่เก่าแก่ที่สุดแห่งหนึ่ง นอกจากนี้ยังมีการสร้างศาลาว่าการเมืองหน้าวิหาร San Agustínในปัจจุบันและโบสถ์ประจำตำบลแห่งแรกซึ่งเป็นที่ตั้งของ Palace of Justice
ปัจจุบันเมืองอันงดงามที่อุดมสมบูรณ์ในอาคารยุคอาณานิคมจัดแสดงตัวอย่างสถาปัตยกรรมที่เกี่ยวข้องจำนวนมากเช่นมหาวิหารซึ่งเป็นสถานที่ที่ไม่ควรพลาดซึ่งสร้างขึ้นระหว่างปี 1561 ถึง 1618 โดยสถาปนิกMartín Casillas สไตล์ของเขาได้รับการจัดประเภทให้เป็นพิสดารเริ่มต้น โครงสร้างที่แข็งแรงตั้งอยู่ด้านหน้า Plaza de Guadalajara ในปัจจุบันโดยมีอาคารที่น่าสนใจซึ่งแม้ว่าจะไม่ได้อยู่ในรูปแบบดั้งเดิมของอาคาร แต่ปัจจุบันได้รับการยอมรับว่าเป็นสัญลักษณ์ของเมืองหลวงของ Guadalajara หอคอยดึกดำบรรพ์ถูกทำลายลงในศตวรรษที่ 19 จากแผ่นดินไหวซึ่งเป็นสาเหตุที่ทำให้อาคารในปัจจุบันถูกเพิ่มเข้ามา การตกแต่งภายในของวิหารเป็นสไตล์กึ่งโกธิครวมถึงห้องใต้ดินที่ทำจากลูกไม้
บริเวณทางศาสนาอื่น ๆ จากศตวรรษที่ 16 ได้แก่ คอนแวนต์ซานฟรานซิสโกซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1542 ใกล้แม่น้ำในย่าน Analco และเกือบจะถูกทำลายในการปฏิรูป วิหารซึ่งได้รับการบูรณะในตอนท้ายของศตวรรษที่ 17 โดยมีการอนุรักษ์ด้านหน้าแบบบาโรกของเส้นโซโลโมนิกที่เรียบง่าย คอนแวนต์ของ San Agustínก่อตั้งขึ้นในปี 1573 โดย Royal Ordinance of Felipe II และปัจจุบันยังคงรักษาวิหารไว้ด้วยส่วนหน้าของแนว Herrerian ที่รุนแรงและภายในมีห้องใต้ดินที่ทำด้วยยาง
ซานตามาเรียเดกราเซียซึ่งเป็นอีกหนึ่งในฐานรากแบบคอนแวนต์ถูกครอบครองโดยแม่ชีโดมินิกันจากปวยบลาสร้างขึ้นในปี 1590 ด้านหน้า Plaza de San Agustínและจ่ายให้โดยHernánGómez de la Peña การก่อสร้างเข้ามาครอบครองหกช่วงตึกแม้ว่าในปัจจุบันจะมีเพียงวิหารเท่านั้นที่ยังคงมีอยู่โดยมีอาคารนีโอคลาสสิกจากครึ่งหลังของศตวรรษที่ 18
